1. 男孩说：“没……我没看见。”这时,男孩在想()
2. 列宁自言自语地说：“多好的灰雀呀,可惜再也飞不回来了。”这时,列宁在想()
3. 列宁看看男孩,又看看灰雀,微笑着说：“你好！灰雀,昨天你到哪儿去了？”这时,列宁在想()

【解析】：这是一道语文阅读理解中的推理题，考查对人物对话背后想法的推测能力。解题的关键在于结合上下文语境，分析人物的语言和表现，从而推断出其内心的想法。
1. 对于男孩说“没……我没看见”，从他说话时的停顿和表述可以推测出他内心有些紧张和心虚，不想让列宁知道是他把灰雀捉走了，所以答案是B。
2. 列宁自言自语地说“多好的灰雀呀,可惜再也飞不回来了”，列宁这样说的目的是想通过表达对灰雀的惋惜，让男孩意识到自己的错误，从而让男孩主动说出灰雀的下落，所以列宁此时的想法是灰雀不见了，可能与小男孩有关，答案是D。
3. 列宁看看男孩，又看看灰雀，微笑着说“你好！灰雀,昨天你到哪儿去了？”，列宁已经知道男孩把灰雀送回来了，他这样问是不想让男孩难堪，要保护男孩的自尊心，所以答案是C。
【答案】：1. B；2. D；3. C